En 1968 se firmó un Convenio Tripartito entre el Gobierno de Honduras, el PNUD y la FAO para crear la Escuela Nacional de Ciencias Forestales (ESNACIFOR), en Siguatepeque, Comayagua, Honduras.

Fue fundada en 1969, con el nombre de Escuela Nacional de Ciencias Forestales (ESNACIFOR), que brindaba las carreras de Técnico Universitario en Dasonomía e Ingeniería Forestal.

En noviembre de 1993, el Congreso Nacional de la República emite el decreto Legislativo No 136-93, mediante el cual se crea la ESNACIFOR como una entidad descentralizada del Estado, con personalidad jurídica y patrimonio propio, y de duración indefinida.

El 26 de abril de 2016 el consejo de Educación Superior en Honduras aprobó el cambio de categoría de la ESNACIFOR a Universidad Nacional de Ciencias Forestales.

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